Berdasarkan Peraturan Bersama Menteri Agama dan Menteri Dalam Negeri Nomor 9 dan 8 Tahun 2006, pasal 2 menyatakan bahwa peneliharaan kerukunan umat beragama menjadi tanggung jawab bersama umat beragama, pemerintah daerah dan Pemerintah. FKUB sebagai representasi dari masyarakat yang dibentuk oleh Gubernur Jawa Timur berdasarkan Keputusan Gubernur Jawa Timur Nomor 1 tahun 2007, dalam melaksanakan perannya mengacu pada visi dan misi Provinsi Jawa Timur.

Dalam kepemimpinan Gubernur Jawa Timur periode 2014-2019 dietapkan visi dan misi Jawa Timur sebagai berikut:

1. VISI

   Terwujudnya Jawa Timur Lebih Sejahtera, Berkeadilan Mandiri, Berdaya Saing dan Berakhlak.

2. MISI

   Makin Mandiri dan Sejahtera bersama Wong Cilik, dengan Prioritas:

   a. Meningkatkan Kesejahteraan rakyat yang berkeadilan;

   b. Meningkatkan Pembangunan Ekonomi yang inklusif, mandiri, dan berdaya saing, berbasis agrobisnis/agroindustri, dan industrialisasi;

   c. Meningkatkan Pembangunan yang berkelanjutan, dan penataan ruang;

   d. Meningkatkan Reformasi Birokrasi dan Pelayanan Publik;

   e. Meningkatkan Kualitas Kesalehan Sosial dan Harmonisasi Sosial.

3. TUJUAN (MISI KE 5)

a. Meningkatkan kualitas kehidupan beragama dan kerukunan antar-umat beragama

b. Meningkatkan kehidupan masyarakat yang aman dan tertib;

c. Meningkatkan penguatan kearifan lokal (local wisdom);

d. Meningkatkan penegakan supremasi hukum dan penghormatan HAM yang berkeadilan.

4. PROGRAM UNGGULAN (MISI KE 5)

a. Pengembangan Forum Kerjasama Ekonomi Lintas Agama;

b. Peningkatan Pengembangan Wawasan Kebangsaan;

c. Pengembangan Forum Resolusi dan Pencegahan Konflik di wilayah rawan konflik;

d. Peningkatan Revitalisasi dan Perbaikan Situs Religi;

e. Revitalisasi Budaya dan Kearifan Lokal;

f. Penghargaan Pembangunan Berbasis Kearifan Lokal "Local Wisdom Award".

B. VISI, MISI, MOTTO DAN NILAI FKUB

1. VISI

Dalam masa kepengurusan FKUB sejak tahun 2007 sampai sekarang, ditetapkan visi berdasarkan tugas, fungsi, peran dan harapan ke depan, serta situasi dan kondisi yang melingkupi, Visi FKUB Jawa Timur adalah:

"FKUB sebagai Mitra Terdepan Pemerintah dalam Mem-bangun Kerukunan Umat Beragama di Jawa Timur".

2. MISI

Untuk mewujudkan visi tersebut, ditetapkan beberapa misi, sebagai berikut:

a. Memelihara kerukunan intern dan antar umat beragama;

b. Memberdayakan Forum Kerukunan Umat Beragama, bekerjasama dengan pilar-pilar kerukunan;

c. Memfasilitasi pendirian rumah ibadat, sesuai kebutuhan nyata dari umat dengan memperhatikan situasi dan kondisi lingkungan, berdasarkan peraturan yang berlaku.